La storia evolutiva dei coccodrilli è molto antica e risale al periodo triassico. I più antichi veri coccodrilli conosciuti (ora estinti) risalgono a 200 milioni di anni fa.

Il termine comune coccodrillo è arrivato dalla parola greca "krokodeilos", che significa lucertola. Anche se i moderni coccodrilli presentano una morfologia esterna primitiva, sono i più avanzati di tutti i rettili.

La famiglia "Crocodilians" è normalmente divisa in tre gruppi considerati sottofamiglie. Queste sottofamiglie sono le Alligatorinae (7 specie Caiman e Alligatori), Gavialinae (una specie, Gharials) e Crocodylina e (12 specie) a cui appartengono le specie di coccodrillo del Nilo ( Crocodylus Niloticus ). Il coccodrillo del Nilo è quindi una delle 12 specie di Crocodylus considerate i "veri coccodrilli".